Gemeenten en hoogheemraadschappen
De Molenfederatie houdt regelmatig overleg met gemeenten om er voor te zorgen dat gemeenten biotoopcirkels in hun bestemmingsplannen opnemen. Bij molens met een slechte biotoop neemt de Molenfederatie samen met de molenbiotoopcoördinator contact op met de gemeente om te kijken of de situatie verbeterd kan worden en zo ja, op welke manier. De federatie stimuleert gemeenten om een financiële bijdrage te verlenen aan molens in hun gemeenten om daarmee het noodzakelijk onderhoud veilig te stellen.
Ook met hoogheemraadschappen onderhoudt de federatie contact over het beheer en gebruik van hun molens. Zo is er in het verleden druk contact geweest met Hollands Noorderkwartier (HHNK) over de herinvoering van de "molenkeur". Dit is een artikel in de keur waarin de omgeving van een molen binnen een cirkel met een straal van 200 meter gevrijwaard blijft van obstakels. Helaas overwoog het hoogheemraadschap rond 2011 om dat artikel in de keur weer af te schaffen. De federatie richtte zich in 2014 met een brief tot het het college van dijkgraaf en hoogheemraden (het dagelijks bestuur van het waterschap) om te bepleiten molenbeschermingszones in de keur te handhaven.